Místní akční skupina Hlubocko - Lišovsko sdružuje 21 obcí dvou mikroregionů. Mikroregionu Budějovicko - sever a mikroregionu Lišovsko. Přirozeným centrem území je jak s ohledem na historii, tak s ohledem na velmi dynamický porevoluční vývoj město Hluboká nad Vltavou. Dokazují to rovněž různé sledované charakteristiky. Zmínit můžeme např. počet obyvatel, počet turistů, rozloha katastrálního území, počet podnikatelských subjektů, počet sportovišť atd. Hluboká nad Vltavou byla sídlem mocného rodu Schwarzenberků, jejichž vliv byl pro region dominantní do první poloviny 20. století. Tento rod měl v 19. století kontrolu nad významnou částí Jihočeského kraje a dodnes je patrné, že základy dnešní turistické atraktivity spočívají v památkách z doby panování tohoto rodu.

Dalšími významnými sídly v regionu jsou města Lišov a Rudolfov.

Ostatní členské obce jsou zpravidla do velké míry závislé na spádových centrech, kterými jsou vedle výše zmíněných měst především České Budějovice. V území není žádné město se statusem obce s rozšířenou působností (všechny obce patří právě pod České Budějovice). O to významnějším prvkem je posilování soudržnosti regionu.

Mikroregion Budějovicko - sever

Mikroregion Budějovicko - sever je tvořen čtrnácti samosprávnými obcemi, které jsou dále děleny na 26 katastrálních území. Osídlení je poměrně nevyrovnané, největší koncentrace obyvatel je v jižní a východní části mikroregionu. Jedná se zejména o oblast kolem řeky Vltavy směrem k městu České Budějovice, která začíná městem Hluboká nad Vltavou a pokračuje jihovýchodním směrem přes Hosín, Hrdějovice, Borek a Úsilné až k obcím Libníč, Hůry, Adamov, Rudolfov, Vráto a Hlincová Hora. Přitom obce Hrdějovice a Borek těsně přiléhají k severnímu předměstí Českých Budějovic (Nemanice), obce Hůry, Adamov a Vráto zase tvoří jednu spojenou aglomeraci s městem Rudolfov, která se přimyká ke krajskému městu ze severovýchodu.

Severní část zahrnující malé osady Purkarec, Kostelec, Jeznice, Líšnice a Hroznějovice, které patří k městu Hluboká, a obce Chotýčany, Ševětín a Vitín, je osídlená řídce a plní spíše zemědělskou a lesnickou funkci.

Mikroregion Lišovsko

Mikroregion Lišovsko se nachází v jižních Čechách, ve východní části okresu České Budějovice. Jádro mikroregionu tvoří město Lišov, které je střediskovou obcí mikroregionu. Toto postavení města Lišov vzniklo přirozeně v závislosti na velikosti obce, dopravní infrastruktuře a státoprávním uspořádání, kdy je město Lišov pověřenou obcí. Vliv města Lišov jako střediskové obce je oslaben z hlediska vzdálenosti ke krajskému městu České Budějovice (cca 12 km) a také turisticky významnému městu Třeboň (12 km).

Mikroregion je oddělen od Českobudějovické kotliny terénním lomem, tzv. Lišovským prahem. Většinu území tvoří pahorkatý reliéf terénu, který směrem k východu postupně přechází do Třeboňské rybniční pánve. Mikroregion navazuje přímo na CHKO Třeboňsko, s níž na východní části tvoří hranici a dokonce některými obcemi mikroregionu do ní zasahuje.